2004年3月16日至23日，应香港大学、香港科技大学和澳门科技大学的邀请，钱正英院士访问了香港和澳门特别行政区。在香港大学陆佑堂举行的第一百六十九届学位颁授典礼上，钱正英院士被授予香港大学名誉理学博士学位。她在该校还做了题为“中国水利工作的新理念－人与自然和谐共处”的学术报告，受到该校师生的热烈欢迎和广泛好评。访问期间，她还参观了香港大学、香港科技大学和澳门科技大学，与三所大学的领导和师生以及香港水务署，就中国水利的发展和水利人才的培养等进行了亲切的座谈与交流，并考察了香港沙田污水处理厂。