2006年12月15日至12月16日，项目组组长钱正英院士在京召开了“江苏沿海地区产业综合开发战略研究”项目会议，项目组副组长沈国舫院士、石玉林院士、王大用副主任，项目组顾问周干峙院士、张春园，以及各课题组院士专家60余人参加了此次会议。
　　会议首先听取了十个课题组研究大纲的汇报，然后院士专家们针对项目的组织形式、项目研究区域发展目标的定位和发展的模式、项目研究的中心思想、项目中课题名称的提法以及各课题组研究大纲等进行了深入讨论。
　　会议明确了项目研究的基础年为2005年，远期目标年为2020年及以后，近期目标年考虑2010年或2015年。
　　会议提出了总的工作部署，即：各课题组根据院士专家提出的意见和建议，修改研究大纲，然后和江苏省对口单位组织队伍进行深入研究，提出中间成果；在形成中间成果的基础上，各课题组分别在南京召开研讨会，征求有关部门的意见，然后各课题组在北京进行中间成果的交流；各课题组研究提出初稿，进行初稿的汇报；在各课题组初稿的基础上，项目组起草项目的综合报告，经过反复讨论通过；在项目综合报告定稿的基础上，各课题组修改完善各自的课题报告。
　　会议部署了下一步的工作计划，即：各课题组在明年5月中下旬向江苏省有关部门征求意见；6月份在北京召开中间成果交流会；8月底9月初提出初稿；9月和10月项目组起草、讨论和通过项目组综合报告；11月份各课题组根据项目组综合报告，修改完善各自的课题报告；项目组最后向国务院有关领导或国家发展和改革委员会汇报研究成果。
　　2006年12月17日，钱正英院士在京召开了项目组正副组长会议，项目组副组长沈国舫院士、石玉林院士、王大用副主任参加了此次会议。与会人员畅谈了对各课题研究大纲的看法；同意成立综合组，不作为第十一个课题组，而是与工作组并列于项目组下，受项目组正副组长的直接领导。综合组由王大用副主任担任组长，朱晓明副主任担任副组长，组内人员由正副组长确定；同意工业发展与城镇布局组改名为城镇布局和空间发展组，将工业布局纳入综合组进行研究。